Die Veröffentlichung von Luthers 95 Thesen war eines der bedeutendsten Ereignisse in der Frühen Neuzeit mit einer unvorhersehbaren Langzeitwirkung. Seit dem Frühjahr 1517 erlebte Luther immer häufiger, dass die Wittenberger der Beichte fernblieben und stattdessen in die auf stiftsmagdeburgischem bzw. anhaltischem Gebiet liegenden Städte Jüterbog und Zerbst gingen, um sich selbst, aber auch verstorbene Angehörige, von Sünden und Sündenstrafen durch den Erwerb von Ablassbriefen freizukaufen. Tatsächlich war der Missbrauch des Ablasses einer der wesentlichen Kritikpunkte Luthers. Die eine Hälfte der Einnahmen des Ablasshandels diente dem Bau des Petersdoms in Rom, während sich der Erzbischof Albrecht und die Ablassprediger die andere Hälfte teilten. Der Bischof benötigte die Einkünfte, um seine gegenüber den Fuggern aufgelaufenen Schulden abzuzahlen. Mithin waren die Thesen ein Angriff auf das päpstliche Finanzsystem.
Die als Antwort auf die Ablasspredigten Johann Tetzels veröffentlichten Thesen hatten eine eminente Auswirkung auf nahezu alle gesellschaftlichen, kulturellen und politischen Strukturen – was Luther selbst kaum vorausgeahnt haben konnte. Die Reformbedürftigkeit der Kirche und damit der Kirchenverfassung war längst ein dringendes Problem. Die Veröffentlichung seiner Thesen war als Diskussionsgrundlage für fachkundige Theologen gedacht; sie verselbständigten sich jedoch sehr schnell und wurden oft als Handzettel nachgedruckt. Statt zur erhofften Diskussion kam es 1518 zunächst zum Ketzerprozess und schließlich sogar zum Kirchenbann.
Die Thesen formulieren eine Kritik an den damals herrschenden Zuständen auf der Grundlage der Bibel. Den Ablasshandel erklärt Luther in den Thesen für Menschenwerk, weil die Bibel keine Grundlage für dieses römisch-katholische Konzept enthält. Zwar lässt Luther zunächst den Ablass für Strafen, die von der Kirche auferlegt wurden, noch gelten; aber seine Kritik richtet sich strikt gegen die falsche Heilssicherheit, die aus einer falschen Handhabung des Ablasses herrühre. Auch der Papst wird von der Kritik nicht ausgenommen: Luther beginnt hier seine öffentliche Kritik an der Institution des Papsttums – ein geistiger Sprengsatz, der dann in den nächsten Jahren und Jahrzehnten seine volle Kraft entfaltete und schließlich zum Schisma, zur Spaltung der abendländischen Kirche, führte. Luthers Landesherr, Kurfürst Friedrich III. von Sachsen, unterstützte ihn in dieser Haltung, weil auch er den Abfluss dieser Gelder aus dem eigenen Territorium nach Rom nicht dulden wollte.
Die rasche Verbreitung der Thesen Luthers in die westeuropäischen Nachbarstaaten machte auch vor Frankreich nicht Halt.
Ende des 15. Jahrhunderts bildete sich in Paris bildete sich eine Predigergruppe heraus, die sich mit Fragen der Kirchenreform beschäftigte. Zu diesem Kreis gehörten der Franziskaner Olivier Maillard sowie die Prediger Jean Raulin, Jean Quentin sowie Jean Standonck. Guillaume Briconnet, Bischof von Meaux, wurde zur zentralen Figur des Reformkatholizismus. Sein Vorhaben, eine innere Erneuerung der Kirche durchzusetzen, realisierte er im Jahre 1518 mit einer umfassenden Reform seiner Diözese. Lefevre d’Etaples unterhielt enge Verbindungen mit Guillaume Briconnet und anderen Anhängern reformistischer Ideen in Frankreich. In seinem Kommentar zu den Briefen des Paulus, der im Jahre 1512 erschien, ging er davon aus, dass allein die im Neuen Testament enthaltene Lehre von Jesus Christus für den Glauben maßgeblich ist. Margarete, die Schwester des französischen Königs Franz I., unterstützte gemäßigte reformatorische Tendenzen in Frankreich. Sie stand in enger Verbindung mit Briconnet und Lefevre d’Etaples und gewährte Schriftstellern und Dichtern, die dem Protestantismus zuneigten, einen gewissen Schutz, solange diese gewisse Grenzen nicht überschritten.
Die Veröffentlichung von Luthers 95 Thesen war eines der bedeutendsten Ereignisse in der Frühen Neuzeit mit einer unvorhersehbaren Langzeitwirkung. Die Veröffentlichung seiner Thesen war als Diskussionsgrundlage für fachkundige Theologen gedacht; sie verselbständigten sich jedoch sehr schnell und wurden oft als Handzettel nachgedruckt. Die Thesen formulieren eine Kritik an den damals herrschenden Zuständen auf der Grundlage der Bibel. Den Ablasshandel erklärt Luther in den Thesen für Menschenwerk, weil die Bibel keine Grundlage für dieses römisch-katholische Konzept enthält. Zwar lässt Luther zunächst den Ablass für Strafen, die von der Kirche auferlegt wurden, noch gelten; aber seine Kritik richtet sich strikt gegen die falsche Heilssicherheit, die aus einer falschen Handhabung des Ablasses herrühre. Lutherbeginnt hier seine öffentliche Kritik an der Institution des Papsttums, was zu heftigen Gegenreaktionen seitens der katholischen Würdenträger führte.
Die rasche Verbreitung der Thesen Luthers in die westeuropäischen Nachbarstaaten machte auch vor Frankreich nicht Halt. Ab dem Jahre 1530 breitete sich das Luthertum in allen Provinzen Frankreichs aus. Neben vielen Personen aus den Unter- und Mittelschichten bekannten sich auch zahlreiche Intellektuelle vor allem in Südfrankreich zu der neuen Religion. Der französische Protestantismus wurde in entscheidender Weise von Guillaume Farel (1489-1565) und Jean Calvin (1509-1564) geprägt, der der französischen Reformation ihr theologisches System gab. Im Jahre 1535 rief Farel durch eine Predigt im Dom von Bern einen Bildersturm hervor, dem die Abschaffung der Messe und die förmliche Annahme der Reformation folgten, so dass im Januar 1536 die protestantische Gottesdienstordnung eingeführt wurde. Farel sorgte dafür, daß auch die Ideen der Reformatoren Bucer und Zwingli in Frankreich zur Kenntnis genommen werden. In seinem Hauptwerk „Institutio religionis christianae“[78], das im Jahre 1541 in französischer Sprache erschien, formte Calvin aus den umlaufenden Lehren ein einheitliches theoretisches Konstrukt, das sich zur geistigen Grundlage des Kalvinismus in Frankreich entwickelte. Dabei war Calvin von der Verfolgung seiner Glaubensgenossen in Frankreich bewegt und wollte darlegen, dass sie mitnichten Ketzer und Aufwiegler seien, sondern seriöse Erneuerer des biblischen Glaubens und der wahren Kirche. Calvin verfasste Kommentare zu fast allen Büchern des Alten und Neuen Testamentes und theologische Traktate, in denen er die Reformation verteidigte oder seine eigene Position darlegte. Wie die anderen Reformatoren ließ Calvin als Sakramente nur die Taufe und das Abendmahl gelten. Calvin gründete im Jahre 1559 die Genfer Akademie, die wesentlichen Anteil daran hatte, den Protestantismus Calvinscher Prägung sowohl in der Schweiz als auch in anderen Ländern bekannt zu machen.
Die Unzufriedenheit breiter Bevölkerungsschichten, zahlreicher Adelsfamilien sowie die Opposition des bourbonischen Adelsgeschlechts führten dazu, dass der Kalvinismus in Frankreich eine gesteigerte politische und gesellschaftliche Bedeutung erhielt. Im Ketzeredikt vom 24.6.1539, das sich auf das gesamte Königreich bezog, wurden sämtliche Rechtsinstanzen aufgefordert, Frankreich von den Ideen des Protestantismus zu befreien. Anlässlich kleinerer Auseinandersetzungen beruflicher oder gesellschaftlicher Art zwischen Katholiken und Protestanten brachen die konfessionellen Unterschiede hervor und uferten in gewaltsame Konfrontationen aus. In manchen katholisch dominierten Regionen Frankreichs kam es zu Steinigungen von Kalvinisten und Schändungen protestantischer Gräber. Allerdings gab es auch religiöse Toleranz, wo Katholiken und Protestanten friedlich zusammenlebten und ihre Differenz akzeptierten. Ende Mai 1559 fand in Paris eine Nationalsynode von Vertretern der hugenottischen Religion statt. Die Repräsentanten von zwölf großen Provinzialkirchen beschlossen zwei bedeutsame Dokumente, die seitdem die Grundlagen der hugenottischen Kirche bildeten. Die Mutter des Königs Karl IX., Katharina von Medici, leitete im Jahre 1560 eine neue Konfessionspolitik ein. Mit dem Gnadenedikt von Amboise am 2.3.1560 billigte sie den Hugenotten eine Teilamnestie zu und gewährte ihnen ein kollektives Versammlungsrecht. Das Toleranzedikt von St.Germain gestattete den Hugenotten den reformierten Gottesdienst tagsüber außerhalb der Städte. Das Edikt erlaubte außerdem Hausgottesdienste und Bibelstunden in allen Städten des Königreiches. Die Zugeständnisse Katharinas an die Hugenotten stießen auf entschiedenen Widerstand innerhalb der katholischen Fraktion. Spätestens seit dem Massaker von Vassy wurde deutlich, dass Katharina von Medicis Toleranzpolitik gescheitert war.
Das Massaker von Vassy, bei dem der katholische Herzog Franz von Guise ungefähr 60 Teilnehmer eines protestantischen Gottesdienst ermorden ließ, leitete das Zeitalter der Hugenottenkriege ein, die bis zum Jahre 1598 die innenpolitische Situation Frankreichs bestimmen sollten.
Neben der innen- und wirtschaftspolitischen Destabilisierung des Landes forderten die Hugenottenkriege eine hohe Zahl an Menschenleben. Lediglich für die letzte Kriegsphase seit 1585 wird die Zahl der Opfer auf ungefähr eine Million Menschen geschätzt.